Sekolah Dasar Islam Terpadu (SDIT) Insan Utama didirikan pada tahun 2002 oleh Yayasan Insan  Utama Yogyakarta dengan menempati sebuah rumah penduduk berukuran 6 m x 9 m di dusun  Sonopakis Ngestiharjo, Kasihan, Bantul yang disewa sebagai pusat kegiatan belajar. Di tahun  pertama SDIT Insan Utama mendidik 16 siswa kelas 1 dan dinahkodai oleh Bp Ali Sumono, S.Ag  dibantu oleh seorang guru kelas. Pada tahun berikutnya yakni di tahun ajaran 2003/2004 jumlah  peserta didik bertambah menjadi 31 anak. Rumah yang relatif kecil menjadi semakin sesak  dengan 2 kelas siswa. Maka di tahun kedua inilah, SDIT Insan Utama pindah ke bangunan yang  belum sepenuhnya selesai di atas tanah milik Yayasan yang berlokasi di dusun Gatak, Kelurahan  Tamantirta, Kecamatan Kasihan, Kabupaten Bantul.  

Pada tahun ketiga, yakni di tahun ajaran 2004/2005 peserta didik terus bertambah, dan sudah  sampai jengang kelas 3 dengan jumlah seluruh peserta didik sebanyak 45 siswa. Pada saat itu  SDIT Insan Utama dipimpin oleh Pranowo Sasongko, S.Pt, dan pada tanggal 31 Desember 2005 mendapatkan ijin operasional dari Dinas Pendidikan dan Kebudayaan. Dengan ijin operasional ini,  semakin mengokohkan eksistensi SDIT Insan Utama dalam menjalankan misinya turut  mencerdaskan kehidupan bangsa.  

Di tahun-tahun berikutnya SDIT Insan Utama semakin mendapatkan kepercayaan dari masyarakat  ditandai dengan semakin bertambahnya jumlah siswa dan rombongan belajar. Di akhir tahun  ajaran 2007/2008 SDIT meluluskan 17 anak dengan prestasi yang cukup membanggakan. Pada tahun 2010 terjadi pergantian kepala sekolah, dari Ustadz Pranowo Sasongko, S.Pt.  digantikan oleh Ustadzah Ari Murtiawati, S.Pt. Di bawah kepemimpinan kepala sekolah yang  baru, SDIT Insan Utama semakin meningkat baik dari sisi prestasi akademik, maupun fasilitas  belajar. Pertama kalinya SDIT Insan Utama menempati bangunan berlantai 2 sebagai tempat  pembelajaran, setelah mendapatkan bantuan dari Dinas Pendidikan & Kebudayaan dan juga para  donatur, hingga siswa kelas 1 bertambah menjadi 3 rombongan belajar, setelah selama 2 tahun  sebelumnya berjumlah 2 rombongan belajar. 

Di tahun 20013 tampuk pimpinan SDIT Insan Utama kembali dipegang oleh Ustadz Pranowo  Sasongko hingga tahun 2017. Pada tahun 2017 kembali terjadi pergantian kepala sekolah dari  Ustadz Pranowo Sasongko, S.Pt. ke Ustadzah Sulastri, S.Ag. seorang guru senior alumni Fakultas  Agama Islam Universitas Muhammadiyah Yogyakarta.  

Di bawah kepemimpinan Ustadzah Sulastri, SDIT Insna Utama tersu berbenah dan semakin  mengokohkan eksistensinya di belantara dunia pendidikan di Kabupaten Bantul maupun di  tingkat nasional. Prestasi anak-anak dalam akademik maupun non akademik semakin nampak, 

satu diantaranya pada tahun 2018 SDIT Insan Utama mengirimkan seorang siswanya di ajang MTQ  Pelajar tingkat nasional di Banda Aceh. Meski belum bisa meraih medali, namun prestasi ini cukup  membanggakan.  

Sejak awal berdirinya, SDIT Insan Utama konsisten menerapkan kurikulum terpadu yakni kurikulum pendidikan nasional dari kementerian Pendidikan Nasional, Kurikulum Jaringan  Sekolah Islam Terpadu (JSIT) dan muatan lokal dari Yayasan Insan Utama Yogyakarta.  Keterpaduan kurikulum itu pula menajdi salah satu faktor yang mendorong orangtua siswa memilihkan SDIT Insna Utama sebagai tempat pendidikan putra-putrinya. Secara akademik siswa  tidak tertinggal dalam pembelajaran, namun di sisi yang lain siswa mendapat pendidikan  keagamaan, dibiasakan melakukan ibadah, mengaplikasikan akhlaq dan perilaku yang baik, cinta  tanah air dan bangsa.